目前，生物质能产业的发展障碍主要包括市场和技术推广等几个方面。
从市场角度来讲，农作物桔秆等生物质还缺乏组织、收集以及服务体系，这阻碍了生物质能源在中国农村的推广应用。另外，生物质能源技术的高成本、高价格是制约其技术商业化和推广应用的最大障碍。与同类技术相比，农村生物质能源利用的初始生产成本比购买化石燃料高得多。
在目前定价机制下，生物质能源的环境效益和社会效益无法体现出来，结果是农民在对环境作出贡献的同时却承受着相关生产资料高价格的困扰。
而技术方面主要有五个方面的问题。
2010-2014年中国生物质能发电业运行走势及投资前景预测分析报告
第一，技术推广上的困难。我国幅员辽阔，地域、资源复杂，农村经济状况参差不齐。目前缺乏对农村生物质能源资源可利用性的详细研究，缺乏对农村生物质能源利用技术适应性的详细分析，以及对不同地域、用户、资源条件、经济社会条件下的技术适应性的详细评价，尤其是发展农村生物质能源的障碍等了解不清楚。
第二，认知度需要提高。公众对开发利用农村生物质能源的意义关注不够，没有形成全社会积极参与和支持可再生能源发展的局面，没有明确发展方向和目标。
第三，是机制上的障碍。生物质能源发展尚未探索出有效的微观发展机制。由于各种技术的类型和内容不同，产业链、产业规模和产业化模式也不尽相同，应该建立不同的发展机制。我国农村生物质能源技术推广机制的重点放在了宏观层面，国家和地方政府在资金投入、机构建设、人力资源等方面给予了一定关注，但微观层面的引导不够。
第四，融资还有困难。缺乏行之有效的投资与融资机制，制约了农村生物质技术的推广应用。
第五，政策上的扶持还不够。生物质能源产业是有巨大环境效益和社会效益的弱势产业。从国外的经验看，政府支持是农村生物质能源产业发育初期的原始动力。不论是发达国家还是发展中国家，农村生物质能源的发展均离不开政府的支持，如投融资、税收、补贴、市场开拓等一系列的优惠政策。
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