1.企业规模化发展，靠近原料生产基地
燃料乙醇生产成本居高不下，企业要在每个环节节省开支，压缩成本，因此减少原料的物流费用也是必要的，这方面美国和巴西的经验值得学习和借鉴。美国把燃料乙醇生产企业建在玉米地里，而巴西燃料乙醇生产企业则在周围17公里半径内全部种植甘蔗。
在我国，用木薯、甜高粱、秸秆等为原料生产乙醇同样存在经济运输距离，合理计算经济运输半径，并以此决定企业的生产规模变得非常有必要。
2.生产原料多样化
燃料乙醇的生产原料有多种，包括水稻、小麦、玉米等粮食作物，有甘蔗、甜菜、木薯、甘薯、甜高粱、葛根、苎麻、马铃薯、棉籽、菜仔等非粮食作物，还有农作物秸秆、废弃皮壳等。燃料乙醇产能的迅速扩张会引起区域性植物单一化局面，对生态平衡极为不利。另外如果原料过于单一，也会增加行业风险。因此燃料乙醇原料确定应该在坚持“不争粮、不争地”的原则下，调整原料布局，增加原料使用的多样性。
3.建立燃料乙醇产业区域协调发展体系
燃料乙醇产业依托于农业，各个地区适合利用的原料不同，因此各省区间应加强协调合作，这对于中国的粮食安全大局、产业的可持续发展是非常有益的。根据《可再生能源“十一五”发展规划》，在广西、重庆、四川、海南等地以甜高粱茎杆为主；在山东黄海入海口地区、内蒙古的黄河沿岸地区以及东北地区、新疆等地以甜高粱茎杆为主。从中我们可以发现，在不同地区适合采用的原料不同，互相补充又有一定的替代性，为各省区间燃料乙醇产业协调发展提供了良好的条件，这对我国的粮食安全、燃料乙醇的可持续发展非常有益。
4.加强燃料乙醇产业的国际合作
目前我国燃料乙醇产业主要还是立足于国内，产品主要是在国内市场生产销售。2005年河南天冠在老挝租赁5万公顷土地种植木薯，将产业链的上游延伸到国外解决了原料短缺的问题。这给我国燃料乙醇生产企业提供了一个很好的思路，国内企业可以参考将产业链的一部分放到国外。
另外燃料乙醇产业还应该加强国际经济与技术合作，可以向燃料乙醇生产技术较为成熟的国家寻求技术援助或者进行技术贸易，以此提高生产技术，从而更好的促进我国燃料乙醇产业的发展。
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